孤山馆区位于杭州西湖孤山，主要由主楼、浙江西湖美术馆和皇家藏书楼文澜阁组成。主楼主要有三层，设有陶瓷馆、青瓷馆、漆器馆等展馆，一楼主要是展出一些陶器，二楼、三楼主要是瓷器，二楼主要是一些越窑瓷、龙泉瓷等，三楼是明清以后或更加晚期一些的瓷器，而且每层都有3D触摸板，可全方位的看展品。孤山馆东侧的浙江西湖美术馆主要展示一些书画作品，另外还有两个专题陈列馆：黄宾虹书画馆和吕霞光艺术馆可供参观。此外，博物馆主楼和西湖美术馆每年会不定时举行不同的临时展览。