潮州市博物馆原位于潮州市昌黎路西段省级文物保护单位海阳县儒学宫，现已迁往人民广场。分馆涵碧楼在潮州西湖公园内湖畔。1983年8月，由原潮安县博物馆和潮州市博物馆合并而成。该馆原属市文化局，1989年10月后隶属潮州市文物管理委员会办公室。
潮安县博物馆成立于1959年，馆址设原海阳县儒学宫内，与县文化馆、图书馆合署办公。1973年，博物馆恢复活动，在潮州唐代建筑开元寺的藏经楼举办文物陈列，设有陶瓷、木雕、铜器、牙雕、石雕、书法和古画等展室。1977年1月重新开放"涵碧楼"。这是一座二层的革命遗址，1927年"八一"南昌起义军挥军南下，9月间到达潮州，在潮州建立工农民主政权，周恩来同志和起义军领导机关就驻扎西湖涵碧楼，贺部三师师部也设于此，在此指挥潮汕战斗前后七天，潮州人民称为"潮州七日红"，为纪念周恩来总理逝世一周年，楼内恢复"潮州七日红"资料陈列，命名为"潮安县革命纪念馆"。1977年9月，潮安县博物馆独立建制，1979年恢复潮州市建制，县、市分开。1980年2月，从潮安县博物馆调出部分人员和文物，建立潮州市博物馆，馆设涵碧楼，县馆也随之统一为潮州市博物馆，馆址迁设学宫内，涵碧楼由博物馆管辖，办成革命纪念馆。